Consta de 4 niveles (Shoden o elemental, Okuden o avanzado, Shinpiden o arcano y Gokuika o Maestría) 
 
 
 

• Usui Reiki Ryoho Gakkai: Este es el nombre de la sociedad de maestros que fundó el propio Usui y que ha sobrevivido hasta nuestros días. Juzaburo Ushida fue quien sustituyó en la presidencia de la asociación a Usui, cuando éste murió. Esta sociedad permaneció oculta muchos años y en la actualidad el maestro Masaki Kondoh es el presidente de la Gakkai. Muchas de sus enseñanzas todavía permanecen ocultas pero, poco a poco, esta asociación ha ido compartiendo con el resto del mundo sus técnicas y conocimientos. Esta organización busca preservar las enseñanzas originales de Mikao Usui,  desafortunadamente es completamente restrictiva en su linaje, membresia y en la información que comparte. Mikao Usui » Juzaburo Ushida » Kanichi Taketomi » Yoshiharu Watanabe » Toyoichi Wanami ... Kimiko Koyama » Masaki Kondo. Y desde 2010 Ichita Takashashi.

Del Reiki que no salió del Japón surgieron varios sistemas

Reido Reiki Gakkai: Este sistema deriva de las enseñanzas de la Gakkai y lo capitanea el maestro japonés Fuminori Aoki. 
Tiene algunos añadidos a las enseñanzas de la Gakkai, pero básicamente las diferencias son mínimas.
Introduce  el símbolo de la felicidad .Este símbolo significa y representa "LA FUERZA DE LA FELICIDAD" (Korini )que es otorgada a todos nosotros. Al recibir la iniciación de este símbolo te conviertes en el protagonista de una vida feliz. La felicidad es uno de los aspectos de la luz divina y del amor incondicional. Por eso ayuda al reikista en su autodesarrollo y a sus pacientes en su sanación.
El linaje es el siguiente: Milao Usui»  Ushida» Taketomi» Watanabe» Wanami» Koyama» Hyrosi Doi» Fuminori Aoki.
 
 

• Komyo Reiki Kai Este sistema lleva el nombre de una escuela de Reiki Tradicional Japonés que creó el maestro Hyakuten Inamoto. Se diferencia de los otros sistemas por no proceder de la Gakkai. Este sistema viene de la línea del maestro Hayashi que permaneció en Japón y que también estuvo oculta durante años. Incluye algunas enseñanzas y técnicas más, así como los símbolos originales de Usui transmitidos a Hayashi . En la actualidad, el maestro Hyakuten Inamoto es considerado como el sucesor se Mikao Usui por su elevado nivel evolutivo. 

Hay cuatro niveles en Komyo Reiki Kai Sistema 
Shoden (First Level) Shoden (primer nivel) 
Chuden (Second Level) Chuden (Segundo Nivel) 
Okuden (Third level) Okuden (tercer nivel) 
Shinpiden (Teacher/Shihan) Shinpiden (Maestro / Shihan) 

• Jinkinden Reiki: Otro sistema de Reiki Tradicional Japonés parecido a Komyo Reiki Kai  ( que significa "enseñanza directa")y que también deriva de las enseñanzas de Hayashi. Fué cofundado  por Tadao Yamaguchi  (hijo de Chiyoco Yamaguchi)y por  Frank Arjava Petter . Su linaje es: Mikao Usui»Chujiro Hayashi» ChiyocoYamaguchi» Tadao Yamahuchi/Franck Arjava Petter.